Normalde idrar yolları sterildir ,mikrop barındırmaz.Sıklıkla komşuluk yoluyla barsakta olan mikroplar aşağıdan yukarı doğru uretra ve mesaneye gelirler.
En sık E. coli’(%70 -90) dir.Enterococcus, Klebsiella ile Proteus en sık diğer etkenlerdir. S. Saprophyticus genç cinsel aktif kadınlarda etkilidir.